エディタ上でシーンに配置したオブジェクトの数が多くて管理しにくい。対策は？

「Environment（背景）」や「Enemies（敵）」という名前の空のGameObjectを作り、その中に子オブジェクトとしてまとめてフォルダのように整理します。

機能ごとにPrefab化して細かく分けておくのも、ごちゃごちゃを防ぐ有効な手段です。