フォルダ構成（ディレクトリ設計）のベストプラクティスは？

Assets直下に「_MyProject」や「App」などの独自フォルダを1つ作り、自分の作った全データはその中に入れて管理します。

Asset Storeからダウンロードした外部プラグインはAssets直下に専用フォルダを作ることが多く、自分のデータと混ざるとアップデート時や整理時に大混乱を招くためです。

Assets/_MyProject/ の中に、Scripts、Prefabs、Scenes、UI などのカテゴリ別フォルダを作成します。大規模開発では「プレイヤー機能」「敵機能」といったモジュール（機能）単位で分ける設計も有効です。