「Destroying assets is not permitted to avoid data loss.」が出た場合は？

ゲームの実行中に、Projectウィンドウ内にある「大元のデータ（アセット）」そのものを Destroy()で削除しようとしました。

Destroy()は「シーンに出現したクローン」を消すための命令です。これを大元の素材（マテリアルやプレハブの本体）に使うと、プロジェクトのデータが永久に失われるためUnityが全力で阻止します。

Instantiate()で生成したクローンに対してのみ Destroy()を実行するようにします。もし一時的に色を変える目的でマテリアルをいじった場合は、終了時に Destroy()を呼ぶのはクローン（instance）に対してのみにしてください。