「SerializedObject target has been destroyed」が出た場合は？

エディタ拡張（自作の Inspector 等）を描画している最中に、対象のオブジェクトが削除されてしまいました。

エディタ拡張は毎フレーム画面を描画し直しますが、ゲームの実行中などにオブジェクトが Destroy されると、無いものを描こうとして エラーを吐き出し続けるからです。

エディタ拡張の OnInspectorGUI() などの描画処理の冒頭に、if (target == null ) return;というチェックを入れ、対象が消滅した場合は描画処理を即座にやめる安全設計を追加します。