アセットを別のフォルダに移動してもシーンの参照が壊れない理由は？

Unityはデータの場所（フォルダのパス）ではなく、隠しファイルである「.metaファイル」に書かれたユニークID（GUID）でデータを記憶・追跡しているからです。

ファイルパスで記憶していると、開発者がフォルダの整理をした瞬間にすべてのリンクが切れてしまいますが、IDで記憶していればエディタ内でどこへ移動させても追跡できるためです。

エディタのProjectウィンドウ内で移動や名前変更を行う限り、Unityが自動で裏のIDを追跡してくれます。絶対にエクスプローラー（Windows）やFinder（Mac）から直接ファイルを移動させないでください。