クリックしたら色を変えるには？

Raycastでクリックしたオブジェクトを取得し、そのRendererのマテリアル（Material）の color プロパティを変更します。

ユーザーが対象を選択したというフィードバックを視覚的に分かりやすく伝えるための最も基本的なインタラクションだからです。

Renderer rend = hit.collider. GetComponent();でレンダラーを取得し、rend.material.color = Color.red;のように色を代入します。色を戻すために元の色を変数に記憶しておく設計が一般的です。