フォルダ構成は機能別と種別別のどちらが良いか？

現代の中〜大規模プロジェクトでは、スクリプトやプレハブを機能（モジュール）ごとにまとめる「機能別（ドメイン駆動）」の構成が推奨されます。

「Scripts」「Prefabs」といった種別フォルダで分けると、プレイヤー関連の修正をする際に複数のフォルダを行ったり来たりする必要があり、依存関係も絡まりやすくなるためです。

Assets/App/Player/の中に、プレイヤー用のスクリプト、プレハブ、マテリアルを全てまとめます。さらにAssembly Definition（.asmdef）を置いて他の機能から隔離するとコンパイルも早くなります。