作業用シーンと本番シーンを分けるべきか？

必ず分けるべきです。「開発者が機能テストをするだけの軽いSandbox（砂場）シーン」を用意し、基本はそこでプログラミングとテストを行います。

重い本番のステージでテストプレイを行うと、再生ボタンを押すたびにロード時間がかかり、他のシステムとの予期せぬ干渉が起きてバグの切り分け（原因特定）が難しくなるためです。

「Player_Sandbox」というシーンを作り、プレイヤーと平らな床、テスト用の敵だけを置きます。そこで新しい攻撃スキルのプログラミングと確認を完結させてから、本番シーンのプレハブに反映（Apply）させます。