初学者向けと上級者向けで設計ガイドを分けるべきか？

はい。「まずはとにかく動くコード（最小構成）」を初学者に提示し、その後に「ゲームが大規模になった時に導入すべき高度な設計（DIやMVPなど）」をステップアップとして段階的に提示する二段構えにすべきです。

最初から完璧なアーキテクチャ（クリーンアーキテクチャ等）を初心者に強要すると、ファイル数が無駄に増えて理解が追いつかず、ゲームを作る前に挫折してしまう（オーバーエンジニアリングの罠）からです。

WikiやFAQでは、最初に「とりあえず実装するなら public 変数と MonoBehaviourでOK」と書き、その下に折りたたみ等で「※ただし商用レベルの保守性を持たせる場合は VContainerを使って以下のように分離します」と補足する構成が理想的です。