大量のGameObjectを管理するときに役立つパターンは？

オブジェクトの役割に応じて「Manager（管理者）」を作り、リスト（List）や配列に登録して一括処理するパターンが有効です。

数千体の敵がそれぞれ毎フレーム Update()を実行すると、UnityシステムとC#間の通信オーバーヘッド（無駄な通信コスト）が積み重なり、致命的な処理落ちを引き起こすためです。

EnemyManagerスクリプトを作成し、Update内で for ループを回して、リストに登録された全敵キャラの移動用メソッドを一斉に呼び出す（Updateを一元化する）設計に変更します。