機能別フォルダ構成が設計に効く理由は？

「Player」というフォルダの中に、プレイヤーのスクリプト、プレハブ、効果音をすべてまとめることで、バグが起きた時の修正範囲（目線の移動）を最小限に抑えられるからです。

古い「Scriptsフォルダ」「Prefabsフォルダ」のような種類別の分け方だと、プレイヤーの武器を直すために大量のフォルダを行ったり来たりする必要があり、使わなくなったファイルの消し忘れも多発するためです。

Assets/App/Features/Playerのような構造を作り、さらにそのフォルダ単位で Assembly Definition (.asmdef)を切ることで、機能間の不要な干渉を防ぎコンパイルも高速化させます。