開発初期に決めておくべき設計ルールは？

「フォルダの構成」「クラスや変数の命名規則」「セーブデータの保存形式」「イベント通信の方法（ActionかUniRxか等）」の基本ルールを、プロジェクト開始の初日にドキュメント化して全員で合意することです。

開発の途中で「やっぱりこの書き方にしよう」とルールを変更すると、それまでに書いた何百ものスクリプトを全て書き直すか、あるいは新旧のルールが混在してカオスな無法地帯になるからです。

NotionやGitHub Wikiなどにコーディング規約（ガイドライン）を作成し、必ずLintツール（自動コード整形）を導入して、ルール違反のコードはGitにコミット（保存）すらできない仕組みを構築しておくのが最強の予防策です。