Hierarchyが複雑になってきたときの整理方法は？

「— UI —」のような名前を付けた「空のGameObject」を作成し、セパレーター（区切り線）として活用してフォルダのように階層化します。

オブジェクトが数百個になると、目当てのスクリプトやUIを探すだけで膨大な時間を浪費し、誤って削除や移動をしてしまうリスクが高まるためです。

空のGameObjectを作り、Componentをすべて削除した上で名前を区切り線に見立てます。Unity 6以降のモダンな環境では、無料の「Hierarchy 拡張アセット」等を入れて色分け表示にするのも非常に効果的です。