Unityのシーンの保存を忘れてしまうことへの対策は？

Unityエディタの機能や外部アセットを活用して「自動保存（Auto Save）」の仕組みを構築するか、再生ボタンを押す前に必ず保存する癖（Ctrl + S）をつけます。

Unityがクラッシュしたりフリーズしたりした際、数時間分の作業データが一瞬で吹き飛び、開発のモチベーションに致命的なダメージを与えるのを防ぐためです。

Unityの最近のバージョンには設定に一部オートセーブ機能が存在しますが、Asset Storeから無料の「Auto Save」拡張ツールを導入し、「3分おきに自動保存」「Playボタンを押した瞬間に自動保存」させるのが最も確実です。