Unityのシーン設計でMainシーンとSubシーンを分ける利点は？

チーム開発において、複数人が同時に同じシーンを編集した際に発生する「ファイルの競合（Gitのコンフリクト）」という最悪の事態を防ぐためです。

1つの巨大なシーンファイルに「背景」も「UI」も「敵」も詰め込むと、誰かが背景を直し、別の人がUIを直して保存した時に、データがぶつかり合って両方の作業が消滅してしまうからです。

背景だけの「Environmentシーン」、UIだけの「UIScene」を作り、実行時に SceneManager.LoadSceneAsync(..., LoadSceneMode.Additive)を使って、透明なフィルムを重ねるように合体させて動かします。