Unityプロジェクトのフォルダをクリーンな状態に保つためのヒントは？

定期的に「未使用のアセット」を検出して削除する外部ツール（無料アセットなど）を使用するか、機能ごとにパッケージ化する（アセンブリ定義を活用する）設計にします。

開発が進むにつれて「とりあえずダウンロードして使わなかった素材」や「テスト用のスクリプト」が散乱し、ビルド容量の肥大化やコンパイル（読み込み）時間の致命的な遅延を招くためです。

Asset Storeで「Clean Up」などで検索して不要データをリストアップするツールを活用するほか、初期段階でディレクトリ構造（フォルダ分けルール）の厳格な規約をチーム内でドキュメント化しておくことが重要です。